네, 아버님께서 '사실과 다름' 메시지를 보신 것이 정상입니다. 인구주택총조사는 실제 거주 기준으로 진행되기 때문에, 이미 님이 해당 주소(본가)에 살지 않는다고 응답하셨다면, 시스템에서 그 정보를 반영하여 세대주에게도 '사실과 다름' 메시지를 보여주는 것이 맞습니다.
인구주택총조사의 '가구' 개념은 주민등록상 '세대'와 다릅니다. 실제로 함께 살고 있는 사람만 포함하는 '가구' 기준으로 조사가 이루어지기 때문에, 님이 이미 실제로는 그 주소에 거주하지 않는다고 응답하셨다면, 시스템은 그 정보를 기억하고 세대주에게도 알려주는 것입니다.
아버님께서는 현재 실제로 거주하시는 분들만 포함하여 조사에 참여하시면 됩니다. 이는 정확한 인구 통계를 위한 정상적인 절차입니다.